La Cámara de Minería del Ecuador tiene como máxima autoridad a la Junta General de Socios, que está conformada por todos sus miembros activos. Su órgano ejecutivo es el Directorio, que tiene como misión la orientación y dirección de la política institucional.

Dentro de su estructura, la Cámara cuenta con una Presidencia Ejecutiva, con la asistencia de un abogado interno y con un departamento de Comunicación Institucional.